lionel on linux

20 août 2013

Fedora 19 "Schroedinger's cat" est là

En effet, depuis quelques mois déjà, la version 19 de fedora est disponible.
Comme toujours, du beau travail, avec une version de coot qui se fait attendre, mais qui est dans les depots testing.
Elle ne devrait donc pas tarder à sortir dans les depots classiques.
Pour les plus téméraires qui souhaiteraient installer la version testing, le bug graphique dont on parle un peu plus loin dans le blog, est toujours valable, mais la solution donnée aussi donc...

le seul bémol à cette distribution, sera pour moi l'évolution de gnome3 qui ne propose plus de mode restreint comme dans F17 et F18, mais un mode classique qui effectivement redonne un gnome 2 plutôt sympa, malheureusement ce mode classique necessite pour fonctionner que l'extension composite soit active. or la "stereo on a window" n'est pas compatible avec cette option.
donc faites trés attention avec votre xorg.conf, lors de la mise à jour, car si vous n'enlever pas  "option composite "disable"", vous allez vers un bel ecran noir.
même gdm necessite apparement l'option composite.

Pour l'instant je suis passé sous KDE, dans ce cas mon systeme nvidia vision 3D fonctionne trés bien, je suppose que lxde doit aussi permettre l'utilisation de la 3D, mais je ne l'ai pas testé encore...

 

Fedora 19 release

Posté par famillenauton à 09:31 - Commentaires [0] - Permalien [#]


22 octobre 2010

Coot et avogadro - resolution bug graphique

Du nouveau dans les dépôts (fedora update), l'arrivée de Coot-0.6.1 , une bonne nouvelle qui va considérablement améliorer l'installation de ce logiciel indispensable des cristallographes.

un simple

[root@machine ~]# yum install coot

et tout roule.....

un bémol tout de même : si vous installez sur une machine dont le système est en anglais, pas de problème, par contre si comme moi, votre fedora adorée est en français, alors une petite manip pour éviter un classique des bogues graphiques.

editez le fichier coot

[lionel@machine ~]# su -
MDP
[root@machine ~]#cd /usr/bin
[root@machine ~]# vi coot

rajoutez les lignes suivantes dans le fichier et sauvegardez.

LANG=C
LC_ALL=C
LC_NUMERIC=C
export LANG
export LC_ALL
export LC_NUMERIC

aprés plus de problème d'affichage graphique.

De même pour avogadro-1.0.0.6 qui bogue encore pas mal, et qui a le même bogue graphique que coot...

dans ce cas, /usr/bin/avogadro, n'est pas editable car c'est un fichier binaire.

créons un fichiers dans /usr/bin que nous appelerons par exemple startavogadro.sh

[lionel@machine ~]# su -
MDP
[root@machine ~]#cd /usr/bin
[root@machine ~]# vi startavogadro.sh

editez les quelques lignes suivantes.

#!/bin/sh

LANG=C
LC_ALL=C
LC_NUMERIC=C
export LANG
export LC_ALL
export LC_NUMERIC

avogadro

enregistrer le fichier ( :wq ) sous vi

maintenant pour lancer avogadro tapez startavogadro.sh ( ou le nom que vous aurez donné à ce fichier)
n'oubliez pas au préalable de le rendre exécutable, avec la commande

[root@machine ~]#chmod +x startavogadro.sh

bien sur, ces déclarations de variables peuvent se faire dans votre .cshrc, ou .bashrc ou dans votre /etc/profile, afin cela depend de vos paramêtres perso...

 

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07 juin 2010

Chimera 1.4.1

Chimera 1.4.1

dernière version de production de chimera, toujours stable, toujours fiable, un rendu sublime, pour tout ce qui est des images, un plus pour cette version, la possiblité de dessiner à l'ecran des plans, définis par 3 ou plus d'atomes, et de pouvoir prendre la mesure des angles entre ces plans.

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coot 0.6.1

COOT 0.6.1

cette version de coot, fonctionne à merveille sous fedora 13, les plus téméraires pourront choisir de le compiler à partir des sources, disponibles sur le site officiel, ou alors on se contentera de prendre le binaire, mais petite astuce pour les personnes sous x86_64 , prendre la version pour CENTOS coot-0.6.1-binary-Linux-x86_64-centos-5-gtk2.tar.gz, pourquoi ?
le nouveau design est sympas, et surtout on apprécie la barre de menu rien qu'en icone présente à l'ouverture.
logiciel indispensable pour tout bon affinement, sous phenix ou sous CCP4 ( refmac ).

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Fedora 13 (GODDARD)

voici, 3 semaines que la dernière version de fedora est sortie, à peine le festival de cannes terminé, que GODDARD, pointe le bout de son nez, pourtant rien à voir, avec le cinema, d'ailleurs ce n'est pas la même orthographe que le cinéaste réalisateur.
Non ici il s'agit de rendre hommage à un ingénieur du début du vingtième siécle, si mes sources sont bonnes.
cette nouvelle version étonne par sa stabilité, des sa sortie, aucun bug majeur, que du bonheur, tout les programmes présentés ici fonctionnent à merveille, hormis dans certains cas Avogadro, qui peut presenté des problèmes liés à la  bibliothèque ( libboost_python-mt.so.5), problème mineur liè au passage de f12 à f13 via un preupgrade, et la presence de logiciels ( je n'ai pas encore identifié lesquels) utilisant sous f12 la lib libboost_python-mt.so.1.41.

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22 février 2010

un nouveau venu "Phenix"

un nouveau programme dans la grande famille des programmes de cristallographie vient de sortir, il s'agit de Phenix, une suite du même type que celle de CCP4, qui intègre différentes méthodes de résolutions de structures.

Home page phenix_logo


facile d'installation, disponible pour mac , windows et linux, surtout LINUX , hein , oui, bon.....
son avantage, une prise en main trés facile, et une quantité de petits scripts de manipulations de fichiers.

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02 décembre 2009

FEDORA 12

Voila maintenant une quinzaine de jours que fedora 12 est sortie, et après plusieurs install sur des machines différentes et avec des cartes graphiques différentes, ( ATI, NVIDIA), je dois dire, que c'est un trés bon cru.....
je n'ai rencontré aucun bug, ni aucun freeze des serveurs X.
les cartes wifi, sont trés bien reconnues, non, vraiment rien à dire...sinon que c'est du bon travail.
pour ce qui est des cartes NVIDIA, les pilotes propriétaires sont désormais disponibles dans les dépots de RPMfusion ( non free ) updates, et non plus dans les dépots updates testing...
donc l'insatllation redevient d'une simplicité incroyable, pour qui sait lire la doc évidement et fouiller le forum de la communauté francaise de fedora,( ici, par exemple )
le pilote nouveau a également fait , d'énormes progrés, la prise en compte du double écran en natif est bluffante, la première fois qu'on l'install, vivement la 3D accessible via se pilote entièrement libre, et exit le pilote propriétaire, sauf pour ceux qui font de la stéréo, bien sur, là cela risque d'être un peu plus long.

l'apparition de Gnome Shell, est aussi à noter, une belle évolution de gnome, encore un peu brouillone à mon goût, mais qui laisse entrevoir de belles perspectives.

Félicitation à l'équipe de fedora pour cette belle distro...

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03 septembre 2009

mise au point

ATTENTION CE BLOG DONNE DES INFOS SUR L'INSTALLATION ET L'UTILISATION DE LOGICIELS LIBRE CONCERNANT LA CRISTALLOGRAPHIE ET LA MODÉLISATION MOLÉCULAIRE.
CE N'EST PAS PARCEQU'UN LOGICIEL EST LIBRE POUR UNE UTILISATION ACADÉMIQUE QU'IL L'EST POUR UNE UTILISATION COMMERCIALE, À VOUS DE SAVOIR DANS QUELLE COUR VOUS JOUEZ.
CE N'EST PAS NON PLUS PARCE QU'IL EST LIBRE, QUE LES AUTEURS DES PROGRAMMES NE DOIVENT PAS ÊTRE CITÉS LORS DE PUBLICATIONS DE RÉSULTATS OBTENUS AVEC CES LOGICIELS.

DE PLUS AVANT D'INSTALLER UN PROGRAMME DE CE SITE, VÉRIFIEZ QUE CEUX CI NE SONT PAS DÉJÀ PRÉSENT DANS LES DÉPÔTS CONCERNANT VOS DISTRIBUTIONS PRÉFÉRÉES.

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02 septembre 2009

pour ceux qui ne savent pas à quoi ressemble linux

Linux souffre de son image, un système trop compliqué, pas ergonomique, un écran noir, avec un curseur qui clignote attendant avidement des commandes toutes plus barbares les unes que les autres. c'est pas faux en un sens, la ligne de commandes est probablement la chose la plus belle qui soit , mais linux ce n'est pas que cela, jugez par vous même.

CaptureCapture_1

j'ai jeté mon dévolu sur Fedora, beaucoup dirons, que c'est un mauvais choix, car elle change trop souvent, c'est vrai une nouvelle version tous les 6 mois, c'est plutôt rapide, mais en même temps, cela se gère très bien, d'autant que l'on est pas obligé de changer automatiquement.

pour le boulot, j'ai testé quelques distros, mais le passé commun avec red hat fait que fedora est très bien adaptée au monde scientifique...beaucoup de bibliothèques spécifiques, beaucoup de petits programmes précompilés...

De plus, la communauté française de fedora, qui au travers de son forum et de sa doc ( chapeau pour le travail des rédacteurs), est d'une aide précieuse pour l'installation du matériel et pour les configurations un peu poussées, m'a vraiment aidé à franchir le pas. Je conseille d'ailleurs à tous ceux qui veulent passer sous linux, de se rapprocher des communautés, elles sont rarement sectaires, et on y trouve toujours de bonnes âmes prêtes à aider.

Capture

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01 septembre 2009

donc voila, pour les habitués de fedora.fr, je suis "modmol", j'ai 35 ans, et suis sous linux depuis maintenant, un lustre, et deux bougies.
quand je dis linux, je devrais plutôt dire Fedora.....
j'ai commencé avec le version 4 ( core 4), et suis maintenant sous la version 11 ( leonidas, c'est vrai le nom officiel n'est pas trés glamour, en même temps on s'en fout un peu.)

Dans l'attente comme la plupart des amateurs de fedora de la version 12, Constantine, prévue pour novembre 2009.

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